Le code de la santé publique prévoit un système de dérogations, dont sont toutefois exclus les paramètres microbiologiques. Ainsi, si l’utilisation de l’eau ne constitue pas un danger potentiel pour la santé des personnes et s’il n’existe pas d’autre moyen raisonnable pour maintenir la distribution d’eau dans le secteur concerné, le responsable de la distribution peut demander au préfet une dérogation à certaines limites de qualité. Cette dérogation est limitée au maximum à trois ans.
Une seconde dérogation, de trois ans maximum également, peut être ensuite accordée, selon les mêmes modalités, par arrêté préfectoral. Enfin, une troisième dérogation peut être accordée à titre exceptionnel, toujours selon les mêmes modalités.

Ce système est élaboré dans un souci de transparence vis-à-vis des consommateurs et d’amélioration de leur information. Ces 3 étapes de dérogation, de 3 ans maximum chacune, sont en effet assorties d’exigences croissantes en matière d’information de la population, d’engagements et de suivi des résultats. Chaque dérogation est accompagnée d’un plan de mesures correctives comprenant des engagements fermes des responsables de la distribution d’eau.